受國家法律特殊保護的自然區域。在區域內除學術研究以外，禁止改變或破壞其原有的自然狀態。目前全臺灣依「文化資產保存法」公告的自然保留區共有二十多處，如淡水河紅樹林自然保留區、澎湖玄武岩自然保留區、墾丁高位珊瑚礁等。